舞台は前作Shadow of Chenovの一年前

今作の主人公のScarは、金にやとわれて働く用心棒(Mecenaryと呼称される

科学者の調査隊に雇われ、Swampsを先導していたが、とてつもない大規模のEmissonに巻き込まれる

瀕死の状態で犬に襲われそうになったが、Clearskyに隊員に発見され一命を取り留めた

Clearsky基地で目覚めるとリーダーのLebedevに、これまでのいきさつを説明される

浴びた放射能により神経系に深刻なダメージを受けているが、奇跡的に何ともない

最初にBartenのColdに会い、Clearskyの面々について知らされる。

リーダー、トレーダー、メカニック、研究者ともども、有能な面々がそろっているようだ

リーダーのLedenovがClearskyについて説明する。

Zoneについて研究する非営利の組織で、派閥争いに巻き込まれたくないので、Swampで秘密裏に活動していた

Zoneの秘密(明かにされない)を解明する寸前までいったが、先日のEmissonで状況が一変

アノマリーと放射能が一変し、安全なエリアまで危険な状態になり、未知の状況になっている

目下最大の懸念はSwampsの周りのアノマリーが減って、Regenateと呼ばれるBanditが跋扈した事

Clearskyは武闘派集団ではないので、Regenateに圧倒されているようだ

主人公のScarをみて、腕利きだと見込まれ、clearskyへ手を貸してほしいと頼まれる

ちょうどその時Clearskyの部隊が、Regenateに襲われたと通信が入る。

Scarの一命を取り留め、Swampに運び込んだ面々もいるので、助けてほしいと要請される

トレーダーに会い、装備一式を受け取ると、ガイドともにSwampsの前哨へと向かうScar

スタート地点から左側の一体のアノーマリーエリアにJerryfishアーティファクト

見張り塔ではClearsky隊員がBoar(ミュータント)に襲われ、ほとんど全滅していた。

このクッソ弱いミュータントに分隊が全滅させられるほど、Clearskyは弱いらしい

ちょうどその時Emissonが置き、不運なscarは二度目のemissonにさらされる

結局またClearsky基地に運び込まれたScar。奇跡的に二度目のEmissonを生き延びていた

ScarはEmissonを浴びたことによって特異体質になっており、能力が向上しているが、そのうち神経系がずたずたになって死ぬ

Lebedevがいうには近頃ZoneにEmissonが増えたのは、Brain Scorcher(Zoneの中心)を目指すStalker(前作の主人公)の仕業だという

Zone自体が生き物のようなもので、異物を排除するためにEmissonを起こすそうだ

それを止めるには、そのStalkerを排除し、ClearskyがBrain Scorcherにたどり着き、制御するしかない

これ以上Emissonが起こるとScarは死ぬそうなので、Clearskyに協力するしか選択肢はないようだ