今作は主人公が８人の中から選択できるが、シナリオにあまり変化はない。今作の主人公ランクは以下
おすすめ主人公はSFC版、リマスタ版ともミカエル。最初から装備が豊富なうえ、装備開発を素材不要で二つ作れる。ミカエルのコマンダーモードは最強で、ヤマも一番簡単に倒せる。リマスタでは初週ミカエルを選んで、開発装備を引き継ぐのが一番楽。
サラは最弱といわれているが、ゾウと少年を早期に入れて陣形を獲得できる。本人と少年がラスボス戦で離脱してしまうが、サラと少年を使っていなければ、サラコマンダーでむしろ楽にクリアできる。リマスタで新破壊するものを倒したい場合、二週目で装備を引き継いでサラを選択する。
RTAなら、OPイベントが一番短いカタリナ一択になる。カタリナは最強主人公と言われているが、厳密にはTier2の評価。カタリナは最強キャラだが、コマンダーモードが使いづらい。またユリアンが仲間にならないデメリットがある。リマスターではヤマ戦で苦戦するので、初週ではミカエルを選んで装備を持ち越したほうが良い
ハリードしか入れないダンジョン「諸王の都」で、鬼神小手・疾風のくつ・スリッジハンマーを持ち越せる
トーマスは魔力が最も高くでき、白虎術と太陽術が強力
エレンとユリアンは特に主人公に選ぶメリットはない。エレンは得意武器を斧にでき、ユリアンは序盤にモニカを仲間にできる
最弱主人公はモニカで、本人の事情でツヴァイクトーナメントに参加できず、聖杯が入手できない。最初にユリアンが仲間にできるしかメリットはない。